Madrasah Aliyah Nasional memiliki beberapa program pendidikan yaitu:
- Penerapan kurikulum madrasah (departemen agama)
- Penerapan Tahfidzul Qur’an dan Tahsin (metode Yanbu’a)
- Pengembangan siswa (ekstra kurikuler) meliputi: pramuka, al-banjari, Pencak Silat, Teater.
- Character building melalui kecakapan ubudiyah, keputrian, sholat berjamaah, bakti sosial, penerapan 9K dan 5S.
- Layanan khusus sekolah meliputi: bimbingan siswa, dokter sekolah, perpustakaan, laboratorium komputer, antar jemput siswa, kantin, dan keamanan.
- Pendidikan lingkungan hidup: kerja sama dengan instansi terkait, jumat bersih, sinau wisata, peringatan Hari Bumi, dll.